根窓に直接描画するようにすると画面真っ暗というのはどうもxfce4の仕様が変わったのが原因な気がする。デスクトップの背景に記憶になかった「透明」ってのがある(指定したけど変わらなかった)。

窓を作って描画するとキャプチャが非常に面倒になるので避けたいのだが...キャプチャ自体はできるのだけれどGLXのコンテキストにはXのdrawableを指定する必要があって、描画対象の窓が別になると別のコンテキストになる。

親子関係があれば別コンテキストでリソースを共有できるので別コンテキストであること自体はいいのだが、GLXのコンテキストはスレッドにくっついてるのでスムーズに切り替えるには別スレッドにしとく必要がある(単一スレッドで切り替えるといちいちコンテキストの解放、作成を繰り返すことになるので非常に遅い)。逆に言えば別スレッドであればフレームバッファ切り替えの隙を突く必要もなくなるわけだが...。